Dahulu, wilayah yang kini disebut sebagai Desa Bintoyo merupakan hutan. Menurut cerita leluhur, desa ini awalnya dihuni oleh para pelarian Kerajaan Majapahit pada masa-masa runtuhnya. Runtuhnya Kerajaan Majapahit merupakan awal mula berdirinya kerajaan Islam di Pulau Jawa.

Dikutip dari Kompas.com, Kerajaan Majapahit adalah kerajaan Hindu-Buddha terakhir di nusantara yang berdiri antara abad ke-13 hingga abad ke-16. Dalam sejarahnya, Majapahit dianggap sebagai salah satu kerajaan terbesar dengan wilayah kekuasaan hampir mencakup seluruh nusantara.

Pada tahun 1475, Kesultanan Demak menyerang sisa-sisa kekuatan Majapahit di Jawa Timur. Banyak bangsawan Majapahit enggan diperintah oleh Kesultanan Demak yang memiliki keyakinan berbeda. Akhirnya mereka lari ke berbagai penjuru, salah satunya Desa Bintoyo. Maka dibeberapa tempat di wilayah Desa Bintoyo dikeramatkan dan dijadikan pedoman sebagai orang yang pertama kali datang membabat desa ini.

Konon Ceritanya dahulu ada pohon sambi yang dapat mengeluarkan air yang jernih disela sela batangnya, lama kelamaan airnya menjadi banyak dan dijadikan sumber mata air yang dapat diambil untuk minum, memasak dan untuk kebutuhan sehari-hari namun tidak bisa habis, lalu dinamakan sebagai sumber air atau sendang.

Asal nama Desa Bintoyo itu sendiri diambil dari kata “BI” yang merupakan singkatan dari pohon sambi dan “TOYO” yang berarti air (toyo menurut bahasa jawa). Dikatakan orang banyak, untuk pedoman saat itu pada Jum’at Kliwon dan Jum’at legi diadakan bersih desa atau sadranan.

Dalam masa perkembangannya Desa Bintoyo terpecah menjadi Tiga Dusun  yaitu

1. Dusun Bintoyo I
2. Dusun Bintoyo II
3. Dusun Bintoyo III (Ngleri)                                                                                                         

Para pejabat Kepala Desa Bintoyo semenjak berdirinya Desa Bintoyo adalah sebagai berikut :